PCR新技术可确定疾病相关的遗传变异
据了解,一种基于PCR的新检测方法,可以在未受影响的个体中确定疾病相关的遗传变异,从而能够在儿童中构建疾病传播模型和评估疾病可能性。在生育年龄之前导致严重出生缺陷和死亡的基因突变很罕见,通常在父母双方都不会检测的到。由于不完全的外显率,这种突变可能会越过数代人的间隔,许多突变被认为在父母生殖细胞减数分裂期间开始出现,因此仅在生殖细胞和在孩子中检测到它们。相反,体细胞突变,是通过受精和成人期之间发生的1016次有丝分裂中的错误而产生的。如果这些突变发生在胚胎发育足够早的阶段,具有不同基因型的细胞系就可能出现在同一个人当中,这被称为体细胞嵌合(somaticmosaicism)。
美国贝勒医学院的PawelStankiewicz和JamesR.Lupski,研究被诊断为罕见遗传疾病的儿童父母造血谱系中的体细胞嵌合,以更好地了解所传递的突变是如何出现的。他们的研究小组开发出一种数学模型,用于评估后面出生孩子当中疾病复发的风险,并用一种基于PCR的简单、敏感和特定的试验方法,来检测父母血样中的突变,以帮助遗传咨询师进行风险评估。相关研究结果以两篇论文的形式发表在[much]近的《AmJHumGenet》杂志。
意外新发现?
通过梳理临床基因组数据库,研究人员在罕见遗传疾病患者中发现了拷贝数变异(CNVs),临床试验表明,这些突变是新生的。这些CNVs可能出现在有丝分裂期间,通过染色体断裂,通过DNA复制过程中的错误模板转变,或者通过非等位基因的同源重组。
这两项研究的作者IanCampbell指出:“我们偶然发现了一名具有缺失的患者,想检测突变点。我们还测试了来自父母的DNA,惊奇地发现,在父亲中存在低水平的相同缺失。”
Lupski评论说:“你可以称它为意外新发现,或者你可以叫它听从于你的顾问并进行适当的控制。以前当我们考虑新突变的时候,我们认为它们只发生在生殖细胞中。”
找到突变点
通过建立一个多中心国际合作,该研究小组挑选了100个无关家庭,他们的孩子受基因组疾病的影响,其CNV数据是有效可得的。这些缺失[much]初是通过美国和欧洲临床诊断实验室进行的单核苷酸多态性(SNP)阵列或比较基因组杂交(aCGH)分析而确定的。
这些PCR试验提供了相当大的优势,作为诊断方法超过了直接Sanger测序或全外显子组或基因组测序,它们更加敏感、成本更低,结果更易于分析和解释。研究人员选择了外周血淋巴细胞用于后续分析,因为这些细胞共有一个相同的前体、外胚层组织及早期胚胎生殖细胞。因此,发生在外胚层分化之前的一次缺失事件,可能会导致生殖细胞系和造血细胞系的嵌合性。
从选定的100个家庭中,研究小组发现,在受影响儿童的父母中,有4%的人表现出突变嵌合。Campbell说:“我们认为,这个比例会更高,因为我们只测试了一种比较容易分离的组织(血液)。在后续研究中,我们想测试不同类型的细胞。”
评估复发风险
虽然只进行血液检测可能会低估嵌合性的普遍性,但是对于评估下一个孩子疾病复发的风险,这还是非常有用的信息。
这项研究的合作者、贝勒医学院和莱斯大学统计学家ChadShaw说:“遗传学界认为,新突变发生在父母生殖细胞发育的后期阶段,这对复发风险的观念有影响。一旦研究小组具有嵌合性的经验数据,我们就可以积极地探索,每名父母所引起的风险。对于父亲来说,有直接的生殖细胞取样方法,但是实际上比这更复杂,因为我们需要模拟胚胎发育中突变的出现。”
与卵子相比,在精子细胞系中有更多的细胞分裂,因为父亲在一生中必须产生更多精子,远远超过母亲的卵子数。在此基础上,我们可以合理地假设,父亲传递一个新突变的风险可能高于母亲。然而,她再生育具有相同基因组疾病孩子的风险实际上也会升高,因为与精子相比,卵子间无性系祖细胞的共享增加;母亲也更可能发生该突变的体细胞嵌合。
Campbell解释说:“平均而言,具有有丝分裂新突变的精原细胞,会产生更小的精母细胞库。母亲的所有卵子都发生在胚胎早期,跟随较少的有丝分裂(卵子大约30次,精子大约400次)。因此,平均而言,有较大数量的卵子共有相同的突变,我们在某些X连锁疾病(如杜氏肌营养不良症)中看到了这一现象。”
据向相关人士介绍,这些发现将有助于指导下一个小孩有遗传疾病风险的夫妇,但是髙至的影响可能是我们将会对“新生突变对后代的影响”了解更多。