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显微镜的出现使人看到许多以前从未看到过的一些东西，如细胞、细菌、病毒等，显微镜是生物学研究的重要仪器之一，它是由一个透镜或几个透镜的组合构成的一种光学仪器是人类进入原子时代的标志。主要用于放大微小物体成为人的肉眼所能看到的仪器。

据悉霍华德•休斯医学研究所的科学家们开发了一个革命性的新工具，可以在动物大脑中长时间性标记神经元活动。在神经元激发钙离子流入时，这个工具（荧光蛋白CaMPARI）会从绿色变为红色。在此前研究者们需要在正确的时间使用显微镜来聚焦正确的细胞观察神经元活动，现在这个长时间性的荧光标记为他们带来了解放。

对钙离子敏感的GCaMP能够根据神经活性发出荧光信号，被用来跟踪神经网络的动态。但GCaMP的信号是暂时的，如果显微镜没有及时对准正确的大脑细胞，研究者很容易错过信息。而CaMPARI能够超越显微镜视场的限制，帮助人们分析大范围脑组织的神经活动。这个新工具还允许人们在更复杂的行为中成像神经活动，因为它可以用于自由活动的动物。

显微镜在医学、工农业生产中显微镜也有着重要用途，例如在医学诊断上,可对人血液中的红细胞进行计数等，显微镜是16世纪末叶,荷兰密得尔堡一个眼镜店的老板詹森和他的父亲罕斯发明的。